改造過程中，初級農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社與高級農(nóng)業(yè)合作社的主要區(qū)別在于經(jīng)濟性質(zhì)和組織形式上。初級社，以個體農(nóng)民私有制為基礎(chǔ)，是半性質(zhì)的集體經(jīng)濟組織，其運作模式是土地、耕畜和農(nóng)具入股，由合作社統(tǒng)一經(jīng)營和分配。社員的收入根據(jù)勞動投入和生產(chǎn)資料占有進行劃分，雖然土地等生產(chǎn)資料名義上歸集體所有，但農(nóng)民仍有一定私有權(quán)益。

相比之下，高級農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社則是建立在集體所有制基礎(chǔ)上的更高級形式。它強調(diào)生產(chǎn)資料的集體所有，內(nèi)部設(shè)有適應(yīng)生產(chǎn)需要的勞動組織，基本單位是生產(chǎn)隊。高級社的管理更為緊密，生產(chǎn)活動更加集中和專業(yè)化，農(nóng)民的收入分配則可能更多地以勞動報酬、土地報酬和生產(chǎn)資料報酬的形式進行，直接反映合作社的經(jīng)濟效益和社員的貢獻。

因此，初級社和高級社的主要區(qū)別在于所有制形式的深化、勞動組織的完善以及分配機制的轉(zhuǎn)變，前者代表了向集體經(jīng)濟的過渡階段，后者則是農(nóng)業(yè)集體化更成熟的體現(xiàn)。在改造的過程中，這種轉(zhuǎn)變反映了對農(nóng)業(yè)生產(chǎn)力的提升和經(jīng)濟體制的逐步確立。