確切的說，辦理無公害農產品認證的責任部門是農業(yè)部直屬的農業(yè)部農產品質量安全中心，具體要經過6個環(huán)節(jié)：

1、省農業(yè)行政主管部門組織完成無公害農產品產地認定(包括產地環(huán)境監(jiān)測)，并頒發(fā)《無公害農產品產地認定證書》；

2、省級承辦機構接收《無公害農產品認證申請書》及附報材料后，審查材料是否齊全，完整，核實材料內容是否真實、準確，生產過程是否有禁用農業(yè)投入品使用和投入品使用不規(guī)范的行為；

3、無公害農產品定點檢測機構進行抽樣、檢測；

4、農業(yè)部農產品質量安全中心所屬專業(yè)認證分中心對省級承辦機構提交的初審情況和相關申請資料進行復查，對生產過程控制措施的可行性、生產記錄檔案和產品《檢驗報告》的符合性進行審查；

5、農業(yè)部農產品質量安全中心根據專業(yè)認證分中心審查情況，組織召開“認證評審專家會”進行最終評審。

6、農業(yè)部農產品質量安全中心頒發(fā)認證證書、核發(fā)認證標志，并報農業(yè)部和國家認監(jiān)委聯(lián)合公告。